购房合同附加协议是否有效

视具体情况而定。如果具备以下要件就是有效的：
(1)协议当事人具有相应的的民事权利能力和民事行为能力；
(2)协议当事人意思表示真实；
(3)协议不违反法律或者社会公共利益。
当事人协商一致，可以补充或者是变更合同。
法律依据：
《民法典》 第一百四十三条 
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第五百四十三条 
当事人协商一致，可以变更合同。